Peynir, tereyağı ve yoğurt fermente süt ürünlerinden birkaçıdır. Bu ürünlerin asitlik ve su aktivitesi birbirinden farklı olduğu için mikrobiyal bozulmalarında da farklılıklar vardır.
PEYNİR : Peynirlerde görülen genel bozulmalar (MİKROBİYAL BOZULMA) gaz oluşumu, kabuk yapısında bozulma, renk bozulmaları, acı tat ve küflenmedir. Çiğ sütten hazırlanan peynirlerde gaz oluşturan mikroorganizmalar hem kötü aromaya hem de oluşan gaz nedeniyle pıhtı yapısında bozulmalara neden olabilirler. Laktozu fermente edebilen mayalarda gaz oluşumunda etkili olabilir. Bazı Clostridium türleri hem çiğ sütten hem de pastörize sütten üretilen peynirlerde gaz oluşturabilir. Ayrıca Bacillus türleri (B. Polymyxa gibi) peynirlerde gaz oluşumuna neden olurlar. Aside toleranslı proteolitik bakteriler acı tat oluşmasına, Leuconostoc türleri ise peynir yapısında gözenek oluşmasına yol açarlar. Yarı yumuşak peynirlerde (cottage gibi) özellikle depolama esnasında bozulmalar oluşur. Peynirde asitlik çok fazla düşükse, Pseudomonas, P. Fragi, Alcaligenes metalcaligenes tarafından yapışkansı yapı oluşabilir. Peynirlerin olgunlaşması esnasında en sık görülen bozulma istenmeyen gözenekli yapının oluşmasıdır. Heterofermantatif LAB, bazı Clostridium türleri, propiyonik asit bakterileri, koliform grubu bakteriler çeşitli peynirlerde gözenek oluşumuna neden olabilirler. Asitliği iyi gelişmeyen peynirlerde Clostridium sporogenes ve C. Lentoputrescens pütrifikasyona neden olur. Çedar gibi sert olgunlaştırılan peynirlerde, starter kültür olarak kullanılan LacTOBACİLLUS. Lactis spp. Cremoris ve Lac Lactis’in üründe acı tat oluşumuna yol açar. Renk bozulmaları olgunlaşma esnasında görülen bir diğer bozulmadır. Lactobacillus plantarum var. Rudensis veya Lb. Brevis var. Rudensis çedar ve benzer peynirlerde paslı lekelenmelere ve propionibacterium türleri de Swiss peynirlerinde sarı, pembe, kahve lekelenmelere neden olurlar. Peynirde genellikle olgunlaşma sonrası nem oranının artmasıyla mikrobiyal bozulmalara duyarlılık artar. Bu nedenle yumuşak peynirler (Limburger ve Brie gibi) sert peynirlere (Çedar ve swiss gibi) göre mikrobiyal bozulmalara daha duyarlıdır. Mikrobiyal bozulmalar arasında en fazla sorun yüzeyde küf gelişimi sonucu ortaya çıkar. Hatta küfle olgunlaştırılan peynirlerde istenmeyen küflerin gelişimi sonucu bozulma oluşabilir. Çoğu peynirlerin dış yüzeyinde oluşan kabuk anaerobik mikroorganizmaların peynir içerisine girişini engeller ancak küflere karşı koruyucu bir etki sağlayamaz. Çoğu küfler peynir içerisine girmeden yüzeyde renkli koloniler oluşturarak gelişir. Küfler renk bozulmaları ve kötü kokuya neden olabilmektedir. Oospora (Geotrichum), Monilia, Penicillum ve Cladosporium türleri bozulmalarda yaygın olarak görülür. Olgunlaştırılmayan, yüksek nem ve düşük asitlik içeren peynirlerin psikrotrofilik gram-negatif bakteriler, maya ve küfler tarafından bozulmaya duyarlıdırlar. Bu peynirlerde Alcaligenes ve pseudomonas türlerinin gelişimi sonucu yapışkan yapı, pütrit aroma(KOKUŞMA) ve aroma kayıpları oluşabilir. Ayrıca aroma üretimi için kullanılan starter kültürler çok fazla karbondioksit üreterek pıhtının kabarmasına ya da çok fazla asetaldehit üreterek sert aromaya neden olurlar. Olgunlaştırılmayan bazı peynir çeşitleri (meksikan tipi) vakum paketlenerek buzdolabı koşullarında depolanır. Bu ürünlerde özellikle heterofermentatif Leuconostoc türleri gaz yani karbondioksit ve sıvı birikimine neden olabilir. Peynir yüzeyi maya gelişimi için yeterli nem içeriyorsa, renkli koloni oluşturan mayalar ve oksidatif mayaları gelişerek renk bozulmalarına neden olabilir. Küflü peynirlerde genellikle gelişen küfler lipoliz ve proteoliz özelliklere sahiptir. Protein ve lipidleri parçaladığı için aroma değişimi olur.